Sebagai respons terhadap kebutuhan pengembangan ekonomi regional, pemerintah mengatur mekanisme pengecualian pajak untuk Kawasan Bebas melalui Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 22 Tahun 2012. Di dalam kawasan ini, Barang Kena Pajak (BKP) yang dikirim melalui gerbang resmi seperti pelabuhan dan bandar udara yang telah spesifik ditunjuk, mendapat keistimewaan berupa pembebasan dari pemungutan Pajak Pertambahan Nilai (PPN) dan Pajak Penjualan atas Barang Mewah (PPnBM). Namun, penting untuk diperhatikan bahwa pembebasan ini tidak berlaku bagi BKP yang telah disertai stiker "Lunas PPN" serta bahan bakar minyak yang mendapatkan subsidi dari pemerintah.
Pemberian fasilitas pembebasan PPN dan PPnBM hanya dapat dinikmati dengan syarat Barang Kena Pajak tersebut memasuki kawasan bebas lengkap dengan dokumen yang sudah mendapatkan pengesahan atau endorsement oleh Direktorat Jenderal Pajak (DJP). Keabsahan dokumen ini menjadi penentu apakah BKP dapat dibebaskan dari PPN atau tidak ketika memasuki kawasan bebas. Dokumen-dokumen yang diperlukan meliputi Pemberitahuan Pabean FTZ-03 (PP FTZ-03), yang seharusnya sudah didaftarkan pada kantor pabean sebelumnya, bersama dengan fotokopi dan asli dari faktur pajak (lembar pembeli), bill of lading, airway bill atau delivery order, faktur penjualan, dan surat kuasa dari pengusaha yang melakukan pemasukan barang.
Proses pengajuan dan pengesahan dokumen oleh DJP ini bertujuan untuk memastikan semua barang yang masuk ke dalam kawasan bebas telah memenuhi syarat dan ketentuan yang berlaku, sehingga memungkinkan pengusaha mendapatkan fasilitas pembebasan pajak yang telah ditetapkan oleh pemerintah. Melalui kebijakan ini, diharapkan dapat memberikan insentif bagi para pelaku usaha untuk lebih aktif berpartisipasi dalam mengembangkan kawasan bebas sebagai pusat perdagangan dan industri, sekaligus memperkuat posisi kawasan bebas dalam perekonomian nasional dan global. Kepatuhan terhadap regulasi serta pengajuan dokumen yang benar akan memungkinkan para pengusaha memaksimalkan manfaat kawasan bebas untuk pengembangan usaha mereka.